Die Digiwelt wird bedroht durch den Digimon-Kaiser, der alle Digimon zu unterwerfen sucht. Der Kaiser, ein Mensch namens Ken, behandelt die ihm Untergebenen grausam und begreift die Digimon nicht als lebende Wesen. Gegen ihn kämpft eine neue Gruppe von Digirittern, bestehend aus Davis, Yolei, Cody, T.K. und Kari. Als sich jedoch auch der Digimonpartner des Digimon-Kaisers, Wormmon, gegen diesen wendet und dabei stirbt, wird sich dieser seiner Taten bewusst. Er reist zur Stadt des ewigen Anfangs und findet dort die Wiedergeburt seines Digimons. Daraufhin schließt er sich den Digirittern an.

Bald tauchen jedoch neue Gegner auf, Arukenimon und Mummymon. Diese nutzen die Technik des Digimon-Kaisers, um Digimonklone zu erschaffen, die sie kontrollieren können. Jedoch erschaffen sie dabei ein Wesen, Black Wargreymon, das sie nicht kontrollieren können. Black Wargreymon streift nun durch die Digiwelt auf der Suche nach dem Sinn seiner Existenz. Dann taucht Deemon auf, das den Samen der Finsternis im Inneren von Ken besitzen will. Dabei müssen die Digiritter erstmals die Digimon töten, nicht nur Klone. Deemon wird schließlich in eine andere Dimension verbannt.